Los fines de la Confederación Autismo-España están definidos en el artículo 2º de sus Estatutos y donde se explicita que la Confederación perseguirá los siguientes fines:

• Servir de nexo de unión entre las distintas asociaciones miembro.
• Tratar de que cada una de las asociaciones miembros sirva al máximo los fines previstos en sus Estatutos.
• Coordinar cuantas acciones e iniciativas sean precisas para la obtención de recursos a nivel de Estado, de las Comunidades Europeas y de otros Organismos y Federaciones Estatales o Internacionales que redunden en beneficio de las Asociaciones miembros.
• Ser portavoz de las asociaciones de padres protectoras de Personas con Autismo del Estado Español.